1999年，康斯坦茨大學將全校分為3個院，這3個院包括了13個系：(一)數(shù)學和自然科學院，其中包括數(shù)學和統(tǒng)計學系、信息工程和信息科學系、物理系、化學系，、生物系和心理學系;(二)人文科學院，其中包括哲學系、歷史和社會學系、文學和語言學系;(三)法學、經(jīng)濟和管理學院，其中包括法學系、經(jīng)濟系、政治系和管理學系。

2001年，大學24小時開放的圖書館正式啟用，這在德國也是一個創(chuàng)新。

2007年10月19日，德國精英大學評比第二輪結(jié)果公布，康斯坦茨大學成為“未來計劃”(Zukunftskonzepte)的六所獲獎大學之一，而康斯坦茨生物化學研究所(Konstanz Research School “Chemical Biology”)也在“研究生院”(Graduiertenschulen)的評選中得獎。、

康斯坦茨大學現(xiàn)有來自92個國家的學生共10076人(06-07冬季學期)。為了吸引外國學生，并能更快地和國際接軌，大學提供越來越多的英語授課課程并引進歐洲學歷評價系統(tǒng)(ECTS) 和學士-碩士學制。大學現(xiàn)與美國、加拿大、以色列、中國、歐洲和非洲多個國家的60余所高校建立了合作關(guān)系和交流項目。另外還有歐盟“蘇格拉底”、“伊拉姆斯”項目(Sokrates-， Erasmus-Programm)范疇內(nèi)的100多項高校合作。大學背靠吉斯山，俯瞰博登湖，是德國極少數(shù)幾個校園集工作與生活情趣于一身的大學之一。學生的校園生活多姿多彩。他們可進行的體育項目達60多項，如冬季可以滑雪，夏季可以進行水下活動。大學名人有語言學家A-阿斯曼(Aleida Assmann)，化學家漢斯-赫爾伯特(Hans-Herbert Brintzinger)，歷史學家魯?shù)婪?Rudolf Schl?gl)等。